单细胞与空间转录组联合解析乳腺癌微环境异质性：揭示基质-免疫生态位与治疗抵抗新机制

　　乳腺癌作为女性健康的首要威胁，每年导致全球68.5万人死亡，其治疗面临两大核心难题：肿瘤的高度异质性和微环境的动态演变。传统免疫组织化学(IHC)分型虽指导临床决策，却难以捕捉肿瘤ECO(TME)的时空复杂性。更令人困惑的是，某些拥有非常良好病理特征的肿瘤反而对免疫检查点抑制剂(ICI)反应不佳，暗示微环境中存在尚未认知的抵抗机制。Junjie Kuang团队在《npj Digital Medicine》发表的这项研究，通过多组学整合揭示了这一临床悖论背后的细胞分子基础。研究采用三大关键技术：从GEO数据库获取59例BRCA样本的单细胞数据(GSE203612等)和9例空间转录组数据，通过S

　　RNA介导的Retron-Eco2寡聚化结构解析及其抗噬菌体防御机制研究

　　在细菌与噬菌体持续演化的军备竞赛中，Retron系统作为新发现的细菌免疫武器，其防御机制仍存在大量未解之谜。特别是含有逆转录酶（Reverse Transcriptase, RT）与Toprim效应域融合蛋白的Retron-Eco2系统，虽已知能形成超大分子复合体，但具体结构特征与激活机制始终成谜。这项发表于《Cell Discovery》的研究，通过高分辨率冷冻电镜技术首次解析了Retron-Eco2的三聚体结构，揭示了其独特的自抑制机制与噬菌体逃逸突变间的分子博弈。研究团队采用冷冻电镜（cryo-EM）技术解析2.6Å分辨率结构，通过大肠杆菌MG1655模型进行噬菌体挑战实验，结合RNA-

　　miR-125a-5p通过调控TGF-β/Smad2/3通路和自噬抑制肝星状细胞活化：肝纤维化治疗的新靶点

　　肝纤维化是慢性肝病发展为肝硬化甚至肝癌的关键病理阶段，其核心特征是肝星状细胞（HSCs）活化导致的细胞外基质（ECM）过度沉积。尽管TGF-β/Smad通路已被确认为纤维化的核心驱动机制，但调控该通路的微小RNA（miRNA）网络仍存在大量未知。尤其令人困惑的是，既往研究之后发现miR-125a-5p在多种癌症中发挥抑癌作用，但其在肝纤维化中的功能机制仍是空白。这项发表在《Cell Death Discovery》的研究，首次系统揭示了miR-125a-5p通过双重调控TGF-β信号和自噬过程抑制HSCs活化的分子机制。研究主要是采用TGF-β激活的HSC-T6细胞模型和CCL4诱导的小鼠肝纤维化模

　　胆管癌(Cholangiocarcinoma, CCA)作为起源于胆管上皮的高度恶性肿瘤，全球年发病率虽仅为0.3-6/10万，却占所有癌症相关死亡的2%。其解剖位置特殊导致病理取样困难，现有诊断依赖影像学、血清CA19-9和ERCP下刷检，但敏感性仅62-88%，造成43%的良性狭窄被误切除。更棘手的是，炎症性胆道疾病(IBT)与CCA的临床鉴别犹如雾里看花，亟需开发特异性分子标志物。在此背景下，武汉大学团队独辟蹊径，将目光投向胆汁——这个与胆道系统零距离接触的生物样本。研究通过ERCP采集241例胆汁样本（94例CCA/147例良性对照），分为三个独立队列进行多组学分析。不同于常规

　　引言心血管疾病（CVD）已成为全世界非传染性疾病致死的最主要的原因。2021年全球疾病负担研究显示，心血管疾病病例数较1990年增长92.3%，相关死亡增加57.5%。尽管高收入国家通过公共卫生干预降低了年龄标准化死亡率，但80%的CVD死亡发生在中低收入国家，凸显代谢紊乱与社会经济因素的复杂交互作用。其中，脂质代谢异常与胰岛素抵抗、高血压和血脂异常构成的代谢综合征，显著加速动脉粥样硬化斑块形成和不稳定性。心血管疾病与脂质代谢概述血脂异常与动脉粥样硬化低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）升高、高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）降低和甘油三酯（TG）增高是动脉粥样硬化的主要驱动因素。氧化型LDL（ox-LD

　　缺陷工程调控UiO-66催化位点密度揭示活性-扩散权衡效应：突破多相催化剂设计瓶颈

　　缺陷工程调控催化位点密度的突破性发现催化位点密度与活性的非线性关系在催化材料设计中，增加活性位点密度和提升位点内禀活性是两种经典策略。然而这项研究通过UiO-66金属有机框架(MOFs)模型系统，首次揭示了二者存在复杂的权衡效应。通过精确构建缺失配体(UiO-66L)和缺失金属簇(UiO-66C)两种缺陷类型，研究者发现尽管UiO-66L具有更高的开放Zr位点密度，但在CO2环加成、环氧苯乙烷开环等四种模型反应中，其活性反而低于位点密度更低的UiO-66C，甚至与无缺陷UiO-66I相当。精准合成与表征技术突破研究团队创新性地采用预引入-选择性刻蚀策略，成功分离了传统方法难以区分的配体缺陷和簇

　　多锚点迁移学习算法SemiLT实现跨模态单细胞测序数据的精准注释与调控解析

　　跨模态单细胞测序数据的革命性突破单细胞多组学技术的加快速度进行发展为生命科学研究带来了前所未有的机遇，但也面临着数据整合与注释的重大挑战。这项研究提出的SemiLT方法，为破解scATAC-seq数据注释难题提供了创新解决方案。方法学创新：多锚点迁移学习框架SemiLT的核心在于构建了一个多锚点迁移学习框架，通过三种关键输入数据——scRNA-seq基因表达矩阵、scATAC-seq降维矩阵和基因活性分数（GAS），实现了跨模态数据的精准对齐。该方法创新性地设计了三种锚点类型：1.高权重锚点：基于互近邻（MNN）直接匹配的细胞对2.低权重锚点：通过邻近细胞间接连接的匹配对3.批次校正锚点：用于稳定跨模

　　琥珀酸诱导的巨噬细胞内吞作用通过细胞外囊泡介导的整合素β1转移加速成纤维细胞活化与脓毒症相关肺纤维化

　　1 引言脓毒症相关肺纤维化（SAPF）是感染引发的致命性器官功能障碍，以成纤维细胞异常活化和细胞外基质（ECM）过度沉积为特征。尽管代谢重编程、促纤维化EVs和整合素激活在肺纤维化中的作用已被报道，但其协同机制尚不明确。本研究聚焦琥珀酸——三羧酸循环（TCA cycle）的关键代谢物，发现其通过巨噬细胞来源的EVs传递ITGβ1，激活成纤维细胞并加速SAPF进程。2 结果2.1 SAPF伴随琥珀酸水平升高与促纤维化EVs分泌脂多糖（LPS）诱导的小鼠模型显示，肺组织中琥珀酸含量明显地增加，同时支气管肺泡灌洗液（BALF）中EVs数量上升。体外实验证实，琥珀酸刺激巨噬细胞分泌的EVs可剂量依赖性激

　　1 引言丹参作为传统中药，其活性成分丹参酮（tanshinones）具有心血管保护等药理活性。研究表明茉莉酸（MeJA）和脱落酸（ABA）可协同促进丹参酮积累，但二者交叉调控机制尚不明确。2 结果2.1 MeJA与ABA协同增效实验显示，ABA（200 μM）和MeJA（100 μM）联合处理使隐丹参酮（CT）含量提升28倍，明显高于单一处理（ABA 9.5倍，MeJA 5.16倍）。关键合成基因SmGGPPS1表达上调15.4倍，表明激素协同效应。2.2 SmSnRK2.6磷酸化SmbZIP5通过酵母双杂交（Y2H）筛选发现SmSnRK2.6与bZIP转录因子SmbZIP5互作。体外磷酸化实

　　光信号调控蛋白GmSTF3/4通过激活糖转运蛋白增强大豆对胞囊线虫的易感性机制研究

　　光信号促进大豆对胞囊线虫的易感性研究之后发现不同波长光照（白/蓝/红光）明显提高大豆胞囊线虫（SCN）感染率，其中红光处理下J2幼虫比例降低至38%，而黑暗对照组达72%。RNA-seq显示线虫感染后光受体基因（GmPHYA/GmCRY1/GmPHOT1）在茎部显著上调，暗示光信号参与长距离调控。免疫印迹证实GmSTF3/4蛋白在光照条件下积累量较黑暗组提高2.1倍。移动蛋白GmSTF3/4正向调控线虫寄生qPCR显示线倍。通过农杆菌介导的叶片注射实验，共聚焦显微镜观察到GFP标记的GmSTF3/4蛋白经维管束向根部转运，并在取食位点（syncytia

　　铜死亡：溃疡性结肠炎的新机制铜死亡（cuproptosis）作为一种新发现的铜依赖性细胞死亡方式，在溃疡性结肠炎（UC）中的作用首次被本研究阐明。通过一系列分析GSE66407等三个GEO数据集，发现UC患者结肠黏膜中铜死亡相关基因（FDX1、LIAS、DLAT等）显著异常。实验证实，铜积累通过破坏铁硫簇蛋白稳态，触发DLAT寡聚化，导致肠道屏障损伤。铜螯合剂的治疗突破使用四硫钼酸盐（TTM）进行铜耗竭实验，发现其可显著改善葡聚糖硫酸钠（DSS）诱导的结肠炎小鼠症状：疾病活动指数（DAI）降低45%，结肠长度增加1.8倍，炎症因子IL-6/TNF-α表达下调60-70%。机制上，TTM使结肠黏膜铜含

　　IFITM1通过SMAD3/CBR4通路调控椎板切除术后硬膜外瘢痕增生的机制研究

　　背景椎板切除术作为治疗椎间盘突出、椎管狭窄等脊柱疾病的主要手段，术后硬膜外瘢痕增生（Epidural scar hyperplasia）是导致手术失败综合征（FBSS）的重要的条件。研究表明，成纤维细胞增殖分化和脂肪细胞纤维化是这一过程的核心，但具体机制尚未阐明。方法研究团队通过建立野生型和IFITM1基因敲除（KO）小鼠椎板切除模型，采用HE染色、Masson染色评估纤维化程度，免疫荧光和Western blot验证IFITM1与纤维连接蛋白（fibronectin）的定位。体外实验中，通过NIH-3T3成纤维细胞和原代细胞模型，检测TGF-β刺激下IFITM1/SMAD3/CBR4通路的动态

　　机械疲劳而非免疫排斥是生物瓣膜结构退化的主要驱动因素：基于二尖瓣与三尖瓣的配对比较研究

　　引言心脏瓣膜病(VHD)是老年心血管患者致残致死的根本原因，而生物瓣膜(BHV)置换术因无需长期抗凝成为重要治疗选择。但BHV平均寿命仅约15年，主要受限于结构性瓣膜退化(SVD)。传统观点认为慢性免疫排斥是SVD关键因素，但机械负荷与免疫反应的相对贡献始终存在争议。本研究通过配对比较承受不同血流负荷的生物二尖瓣(BMV)与三尖瓣(BTV)，为阐明SVD机制提供了独特视角。材料与方法研究纳入4例患者的8个BHV（4个BMV和4个BTV），均为俄罗斯NeoCor公司生产的KemCor或PeriCor猪主动脉瓣。采用多学科技术进行系统分析：多层螺旋CT(MSCT)定量钙化体积，苏木精-伊红(H&a

　　慢性应激与单核细胞增生李斯特菌通过髓系来源抑制细胞协同促进肠道腺瘤发生的机制研究

　　慢性应激与病原体协同促进肠道腺瘤的机制背景结直肠腺瘤作为癌前病变，其发生与慢性应激和肠道菌群紊乱紧密关联。单核细胞增生李斯特菌（LM）在结直肠癌患者肿瘤组织中显著富集，但其在应激条件下促进腺瘤发生的机制尚未阐明。本研究通过构建慢性应激（CS）与LM感染的ApcMin/+小鼠模型，揭示了神经-微生物-免疫三方互作的分子机制。协同促瘤效应实验显示，仅当CS与LM共同作用时，小鼠结肠腺瘤数量和上皮异型性明显地增加。组织学分析证实，CS+LM组腺瘤均为高级别管状腺瘤，且结肠长度缩短最明显。行为学测试（OFT和EPM）验证了CS模型的有效性——应激小鼠体重减轻、探索行为减少，而LM感染进一步放大了这种效应

　　引言矽肺病作为一种由二氧化硅（SiO2）颗粒吸入引发的慢性纤维化肺病，其发病机制中内皮细胞（ECs）的作用长期未被充分认知。传统观点将ECs视为被动屏障，但新证据说明其通过内皮-间质转化（EndMT）和炎症调控主动参与纤维化进程。本研究通过单细胞转录组技术，首次系统解析了矽肺肺脏ECs的异质性及其动态功能演变。材料与方法采用C57BL/6小鼠矽肺模型（单次鼻腔滴注100 mg/mL SiO2，1-5 μm粒径），于暴露后7天（急性炎症期）和56天（纤维化期）取肺组织进行scRNA-seq。数据经Seurat包（v4.0.0）标准化和聚类分析，通过Monocle2拟时序分析和CellChat细胞

　　COVID-19严重程度依赖性IgG表位谱分析揭示病原体抗原的差异性识别

　　背景​​COVID-19的抗体介导免疫反应机制尚未完全阐明，尤其是与其他病原体的交叉反应性。尽管共感染已知会影响疾病进展，但SARS-CoV-2感染期间IgG反应的全局特征仍缺乏系统研究。​​方法​​研究采用包含4,344个线性表位的肽微阵列（覆盖37种病毒、27种细菌等），分析39例中度和40例重度COVID-19患者的血清IgG谱，以健康人群和静脉免疫球蛋白（IVIg）为对照。通过信号强度排序、表位映射和组间比较（Mann-Whitney U检验）识别差异表位。​​结果​​​​病毒表位​​：重度患者对HCV、SARS-CoV-1、流感A等表位反应更广更强，中度患者则偏好HTLV-I、脑

　　N1b期甲状腺微小状癌多组学分析揭示转移风险因子：免疫浸润机制与精准治疗新策略

　　研究背景甲状腺微小状癌（PTMC）在伴有侧颈淋巴结转移（N1b）时表现出独特的侵袭性生物学行为。尽管肿瘤体积微小，但这类肿瘤具有早期转移倾向和缓慢生长的矛盾特征。现有临床指标如超声特征和BRAFV600E突变对预测转移的准确性有限，亟需整合循环免疫标志物和肿瘤微环境特征构建更精准的预测体系。研究方法研究团队收集了638例PTMC患者的临床资料，采用LASSO回归和10折交叉验证筛选预测因子，并比较8种机器学习模型性能。通过RNA测序（PTMTA数据集）和加权基因共表达网络分析（WGCNA）鉴定转移相关模块，结合随机森林（RF）和支持向量机（SVM-RFE）算法确定核心基因标志物。利用CIB

　　肠道真菌群失调与精神分裂症代谢综合征患者的系统性免疫功能障碍：中国人群的首项综合研究

　　Introduction精神分裂症（SZ）患者因常合并代谢综合征（MetS）导致寿命减少15-20年，而肠道菌群失调可能是连接代谢与神经精神病理的关键桥梁。尽管细菌失调已被广泛研究，但真菌群落（mycobiota）的作用仍属空白。这项来自中国衢州的研究首次对109名SZ-MetS患者和101名健康对照（HCs）进行ITS1测序，揭示了真菌群落与免疫参数的独特互动模式。Materials and methods研究团队采用QIAamp® DNA Stool Mini Kit提取线R引物扩增后，在Illumina NovaSeq 6000平台测序。数据分析采用QI

　　引言三阴性乳腺癌（TNBC）因缺乏雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）和人表皮生长因子受体2（HER2）表达，治疗选择有限。TNBCvax作为一种创新性多抗原疫苗，靶向TOP2A、HIF-1α和IGF-1R三种在TNBC中高表达的肿瘤相关抗原，旨在解决肿瘤异质性和单抗原疫苗的免疫逃逸问题。方法研究采用C3(1)/Tag转基因小鼠和M6同源肿瘤移植模型，通过ELISPOT检测IFN-γ和IL-10分泌，流式细胞术分析CD3+/CD8+T细胞及效应分子（Granzyme B、TNF-α），并利用CyTOF技术全面解析肿瘤浸润免疫细胞谱。疫苗包含8条肽段（每种抗原2-3条），每肽50μg与CpG佐

　　代谢综合征相关股骨头坏死的新型诊断标志物：基于血浆RNA测序与机器学习的免疫相关ceRNA网络研究

　　1 引言股骨头坏死（ONFH）作为致残性骨关节疾病，早期诊断面临巨大挑战。最新研究表明，免疫失调在ONFH和代谢综合征（MetS）的发病中起核心作用，但针对MetS高危人群的非侵入性诊断标志物仍属空白。长链非编码RNA（lncRNA）因其在免疫调控和疾病诊断中的潜力成为研究热点，而竞争性内源RNA（ceRNA）网络为解析lncRNA功能提供了新视角。2 材料与方法研究纳入9例ONFH患者和6例健康对照，通过DNBSEQ平台做血浆RNA测序。采用DESeq2筛选差异表达lncRNA（DElncRNA）和mRNA（DEmRNA），整合GEO数据库MetS数据集（GSE98895）进行加权基因共表